Agencija lahko dovoljenje za pripravo nerutinsko pripravljenih zdravil za napredno zdravljenje:
- začasno odvzame ali odvzame, če farmacevtski inšpektor ugotovi, da poslovni subjekt, ki mu je bilo dovoljenje izdano, ne izpolnjuje pogojev iz 72. člena Zakona o zdravilih (Uradni list RS, št. 17/14 in 66/19) in predpisov, sprejetih na njegovi podlagi, ter odredi prepoved opravljanja dejavnosti;
- odvzame po uradni dolžnosti, če po vpogledu v Poslovni register Slovenije ugotovi, da je bil poslovni subjekt, ki mu je bilo dovoljenje izdano, izbrisan iz registra;
- odvzame na predlog imetnika dovoljenja za pripravo nerutinski pripravljenih zdravil za napredno zdravljenje.