Agencija lahko na podlagi 9. člena Pravilnika o postopku izdaje in preklica dovoljenja za opravljanje dejavnosti preskrbe s krvjo (Uradni list RS, št. 6/08) prekliče dovoljenje za opravljanje dejavnosti preskrbe s krvjo, če ugotovi, da transfuzijski zavod ali transfuzijski center ne izpolnjuje več pogojev za opravljanje dejavnosti preskrbe s krvjo.